Tras Amagami SS, el estudiante de instituto Junichi Tachibana continúa su relación con las chicas de su escuela. Amagami SS+ Plus ofrece un vistazo a lo que ocurrió tras la resolución de la historia individual de cada chica.

Nuevos acontecimientos comienzan a tener lugar entre cada una de las chicas y Junichi. Tsukasa Ayatsuji, la representante de la clase, se presenta a presidenta del consejo estudiantil; Rihoko Sakurai, que se ha hecho cargo del Club de Té con Junichi, aún quiere confesarle sus sentimientos; Ai Nanasaki se cuestiona el futuro de su relación con Junichi cuando éste se marche a la universidad; Kaoru Tanamachi se pregunta si su relación con Junichi irá alguna vez más allá; Sae Nakata y Junichi lidian con compañeros de clase que aún no pueden creer que alguien tan guapo sea su novia; y Haruka Morishima quiere llevar su relación al siguiente nivel y casarse.