Natsume Tomoharu es un estudiante de instituto normal en todos los sentidos, con una excepción: le sigue el fantasma de su mejor amiga, Misao.

Tras mudarse a la antigua casa de su hermano, Tomoharu espera seguir viviendo su vida normal, pero un día se queda con un misterioso maletín cerrado sin instrucciones. Al principio piensa dejarlo guardado, pero pronto su casa se ve invadida por varios grupos de personas que buscan el maletín. Aunque aún desconocen el propósito del maletín, Tomoharu y Misao intentan escapar con él.

A partir de ahí, Tomoharu intenta conocer los secretos que esconde el maletín, las conexiones entre éste y Misao, y por qué tiene el poder de cambiar el mundo.