La historia esta ambientada en el periodo Edo en Japon (años 1603-1865). El protagonista principal es Manji, un samurai que recibe el don de la inmortalidad gracias a una vieja lamaísta, y hace el juramento de matar a 1000 bandidos para compensar la muerte de 100 hombres inocentes que el mismo asesinó. Paralelamente, remontándose al pasado, aparece la historia de Rin Asano (la chica protagonista) única heredera del dojo Muten ichi ryu, que es testigo del asesinato de su padre y la violación y secuestro de su madre, a manos de los arrasadojos del Itto ryu, tras dos años de esta cruel escena Rin decide vengarse de la muerte de sus padres, consciente de su debilidad como espadachín decide contratar a un samurai que la proteja y la ayude en su venganza.