Yoichi Isagi estuvo a punto de marcar un gol que habría enviado a su equipo de fútbol de la escuela secundaria a las competiciones nacionales, pero una decisión de una fracción de segundo de pasar el balón a su compañero de equipo le costó esa realidad. Amargado, confundido y decepcionado, Isagi se pregunta si el resultado habría sido diferente si no hubiera hecho el pase. Cuando el joven delantero regresa a casa, le espera una invitación de la Unión de Fútbol de Japón. A través de un proceso de decisión arbitrario y sesgado, Isagi es uno de los trescientos delanteros sub-18 seleccionados para un controvertido proyecto llamado Blue Lock.

El objetivo final del proyecto es convertir a uno de los jugadores seleccionados en el delantero estrella de la selección japonesa. Para encontrar al mejor participante, cada diamante en bruto debe competir contra otros a través de una serie de competiciones individuales y por equipos para llegar a la cima. Dejando a un lado sus objeciones éticas al proyecto, Isagi se siente obligado a luchar por llegar a la cima, aunque eso signifique aplastar despiadadamente los sueños de 299 jóvenes aspirantes a delanteros.