Después de pasar con éxito su examen de Licencia Provisional de Héroe, Izuku "Deku" Midoriya busca una pasantía extracurricular en una agencia de héroes profesionales. Por recomendación de su mentor All Might, Midoriya consigue un puesto con el antiguo compañero de All Might, Sir Nighteye, ahora un famoso héroe por derecho propio.

Mientras los compañeros de clase de Midoriya desarrollan sus propias habilidades a través de varias prácticas, el prometedor villano Kai Chisaki utiliza sus aterradores poderes para ganarse el favor de los criminales. Conocido por el apodo de Overhaul, las ambiciones de Chisaki chocan con la Liga de los Villanos y su líder, Tomura Shigaraki.

A través de su trabajo con el señor Nighteye, Midoriya descubre el sindicato criminal de Chisaki y la hostil relación del villano con una misteriosa joven llamada Eri. Temiendo por la seguridad de la niña, Midoriya y su superior Mirio Toogata deben trabajar juntos para poner fin al reino de terror de Chisaki.