Todo empieza cuando una gran esfera negra choca en la Tierra. El profesor Daiba junto a su hijo Tadashi descubren que este objeto ha sido enviado por las Amazonas, una especie extraterrestre que planea invadir la Tierra. Sin embargo, nadie del gobierno cree estos hechos, y toman la esfera como algo casual e insignificante. Incluso cuando el profesor Daiba es asesinado, nadie hace nada. Esto enfurece a Tadashi, que ve como única solución, embarcarse en la Arcadia, pedirle ayuda al Capitán Harlock y juntos combatir a las Amazonas y así poder vengar a su padre.

Pero poco a poco, Tadashi descubre que la tripulación y el mismo Harlock tienen sus propios motivos para luchar, al igual que Raflesia, Reina de las Amazonas. Así pues, la Guerra por la Tierra no solo sirve para proteger el planeta o conquistarlo, sino para descubrir que hay detrás de estos hechos.