El capitán Tsubasa es la historia apasionada de un estudiante de escuela primaria cuyos pensamientos y sueños giran casi por completo en torno al amor por el fútbol. Tsubasa Oozora, de 11 años de edad, comenzó a jugar fútbol a una edad muy temprana, y si bien se trató de un deporte recreativo para sus amigos, para él se convirtió en una especie de obsesión.

Para perseguir su sueño a lo mejor de sus habilidades en la escuela primaria, Tsubasa se muda con su madre a la ciudad de Nankatsu, que es conocida por sus excelentes equipos de fútbol de la escuela primaria. Pero aunque fue fácilmente el mejor en su ciudad vieja, Nankatsu tiene mucha más competencia, y necesitará toda su habilidad y talento para sobresalir entre esta nueva multitud.

Encuentra no solo rivales, sino también nuevos amigos como la linda chica Sanae Nakazawa y el talentoso portero, Genzo Wakabayashi, que comparte la misma pasión que Tsubasa, y se convertirá en un amigo atesorado que lo ayudará a empujar hacia sus sueños. Representar a Japón en la Copa Mundial de la FIFA es el último sueño de Tsubasa, pero se necesitará mucho más que talento para alcanzarlo.