La leyenda cuenta que cuando la Tierra fue destruida, el gran relojero Y fabricó un sustituto a partir de engranajes y ruedas. Naoto Miura es un joven que aspira a ser un gran relojero. Sin embargo, a pesar de su talento único -un oído sensible que le permite comprender inmediatamente la mecánica de los relojes sólo a partir del ruido-, ha hecho pocos progresos. Pero esto cambia cuando un ataúd cae del cielo en su apartamento, revelando a RyuZU, una autómata femenina forjada por el propio Y.

La noticia de la llegada de RyuZU hace que Marie Bell Breguet, la talentosa heredera de una distinguida línea de relojeros, y su guardaespaldas cibernético Vainney Halter entren también en la vida de Naoto. Cuando ella y Naoto se ven envueltos en una batalla llena de acción por sus vidas, descubren una verdad incómoda: el planeta de los relojes en el que ha vivido la humanidad durante más de un milenio está empezando a desmoronarse, un secreto por el que mucha gente mataría para protegerlo.