El «e-Pulse», generado por los pensamientos y emociones humanos, se utilizó como fuente de energía para el dispositivo de apoyo con IA «Sapotama». De las sombras de este notable avance surgen monstruos aterradores. Los Digimon son seres vivos que evolucionan consumiendo e-Pulse.

Tomoro Tenma se ve envuelto en una experiencia extraordinaria tras conocer a Gekkomon, que aparece de repente de su Sapotama. Mientras vive junto a Kyo Sawashiro y otros miembros del equipo de cazarrecompensas «Golden Dawn», Tomoro renueva su determinación. ¿Qué nuevo futuro forjarán los humanos y los Digimon?