Ahora que posee el Edens Zero, Shiki Granbell ha reunido a las Cuatro Estrellas Brillantes. Con la ayuda de sus nuevos amigos, Shiki podrá atravesar Dragonfall, la frontera del Cosmos Sakura plagada de dragones mecánicos. Una vez conseguido, podrá continuar su búsqueda de la diosa Madre.

Antes de que la tripulación de Edens Zero pueda avanzar en su viaje, se percata de que les sigue una misteriosa nave de guerra. Al enterarse de que la nave -el Belial Gore- pertenece a Drakken Joe, Shiki y su tripulación intentan infiltrarse en ella, con la intención de averiguar por qué el Alquimista Oscuro les persigue. En el proceso, el Edens Zero es tomado como rehén por los subordinados de Drakken.

Aunque se encuentran en una situación difícil, Shiki se niega a echarse atrás. Trabajando junto a sus amigos, Shiki tendrá que acabar con el Alquimista Oscuro si espera salir con vida del Belial Gore.