La historia nos situa en la isla de Iwado, Okinawa, donde ha surgido un movimiento que aboga por el retorno a un gobierno autónomo. Ao Fukai, un chico de 13 años de edad cuyo padre esta en paradero desconocido, vive en la isla con el viejo doctor Toshio y está a punto de entrar en la escuela media. La madre de Ao fue secuestrada años atrás por unos individuos desconocidos. Naru Arata, amiga de la infancia de la misma edad que Ao será la heroína de la historia, vive con su padre, su hermano mayor y su abuela. Dispone del poder Yuta, despertado a causa de un accidente cuando era joven. Una misteriosa entidad llamada Secret aparecerá y atacara a los Scub Coral, forma de vida primigenia de la isla. Ao pilota un FP de los militares llamado Nirvash, y lo hará con el firme propósito de proteger la isla