La Búsqueda de los 100 Años: una misión tan desafiante y peligrosa que lleva más de un siglo sin cumplirse. Aunque innumerables magos han intentado acometer este agotador objetivo, sus resultados han acabado en una derrota aplastante o en algo peor. No obstante, Natsu Dragneel y sus amigos -Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet y Wendy Marvell, junto con las superadoras Happy y Charlés- se embarcan con ambición en la búsqueda.

Un año después de que el gremio Fairy Tail haya vencido a las fuerzas diabólicas de Acnologia y Zeref, Natsu y su equipo se adentran en el continente septentrional de Guiltina, donde buscan al patrón de la Búsqueda de los 100 Años y reciben su misión casi imposible: sellar a los Cinco Dioses Dragón, un grupo de individuos con un poder tan vasto que, si se les deja solos, podrían causar la devastación mundial. Mientras tanto, un nuevo miembro llamado Touka es reclutado por Fairy Tail. Aunque su energía vibrante y su naturaleza apasionada la hacen perfecta para el gremio, parece haber algo más en ella de lo que parece.

Decididos a cumplir su aparentemente insuperable misión, Natsu y sus amigos comienzan su traicionera búsqueda de los Dioses Dragón. Sin embargo, al toparse con un nuevo gremio oscuro llamado Diabolos y con la nueva recluta de Fairy Tail, que revela sus verdaderos colores, Natsu y su equipo descubrirán que la Búsqueda de los 100 Años no es el único desafío al que se enfrentan.