La Quinta Guerra del Santo Grial en la ciudad de Fuyuki ha llegado a un punto de inflexión en el que las vidas de todos los participantes se ven amenazadas al revelarse finalmente el enemigo oculto. Cuando Shirou Emiya, Rin Toosaka e Illyasviel von Einzbern descubren la verdadera naturaleza corruptora de la sombra que ha estado arrasando la ciudad, se dan cuenta de lo grave que es la situación. Para proteger a sus seres queridos, el grupo debe enfrentarse a una fuerza enemiga aparentemente insuperable, aunque algunos de esos enemigos hayan sido alguna vez sus aliados, o quizás, algo más íntimos.

A medida que comienza el acto final de esta caótica guerra, los ideales en los que cree Shirou pronto se verán desafiados por un insoportable dilema: ¿es realmente posible salvar un mundo en el que todo parece haber salido mal?