La historia de Fortune Arterial gira en torno al protagonista masculino, Kohei Hasekura, que se traslada a una prestigiosa escuela pública del estilo de las escuelas inglesas de seis años que engloban a estudiantes de secundaria y bachillerato. La escuela se encuentra en una isla llamada Tamatsu, alejada de la costa continental de Japón, y la única forma de llegar a ella es en barco. Poco después de trasladarse, descubre que una de las alumnas de la clase contigua a la suya, Sendo Erika, es en realidad un tipo de vampiro.