Haruka Nanase siente amor por el agua y pasión por la natación. En la escuela primaria, compitió y ganó una carrera de relevos con sus tres amigos Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki y Makoto Tachibana. Tras alzarse con la victoria en el torneo, los cuatro amigos tomaron caminos separados. Años más tarde, vuelven a reunirse como estudiantes de instituto; sin embargo, a Rin no le importa nada volver a ser como antes. No sólo asiste a una escuela diferente, sino que lo único importante para él es demostrar que es mejor nadador que Haruka.

Tras el amargo reencuentro, Haruka, Nagisa y Makoto deciden formar el Club de Natación del Instituto Iwatobi, pero necesitarán un cuarto miembro si quieren participar en el próximo torneo. Se trata de Rei Ryuugazaki, un antiguo miembro del equipo de atletismo al que recluta Nagisa. A medida que se acerca el momento de competir, las cuatro desarrollan un estrecho vínculo mientras entrenan intensamente para llegar a lo más alto y arreglar las cosas entre Haruka y Rin de una vez por todas.