La historia tiene lugar entre los signos de la reconstrucción por la posguerra en invierno de 2028. La tensión no para de crecer en New Port City por las continuas demostraciones sobre los intereses de los cárteles extranjeros. Finalmente, esto desemboca en un tiroteo con la Policía., Todo empezó con una infección cibercerebral desatada por el terrorista Fire Starter. Una unidad independiente de ataque dirigida por Makoto Kusanagi confía el control de la situación a sus fantasmas y deciden hacer su propia justicia. Bajo la superficie del incidente se encuentran “Tinman” Emma y “Scarecrow” Burinda. Según se adentra Kusanagi en el incidente, más cerca se halla de lo que estos dos están persiguiendo.