Misteriosas criaturas voladoras conocidas como Zai aparecen de repente, y para luchar contra las criaturas, la humanidad crea aviones de combate llamados "Hijas", así como el mecanismo automático de lucha "Anima", que tiene la forma de chicas humanas. La historia se centra en un joven llamado Kei Narutani, que anhela volar en el cielo, y un Anima considerado como la carta de triunfo de la humanidad, una niña llamada Gripen.