Yuuji Kazami es un estudiante transferido que acaba de ser admitido en la Academia Mihama. Quiere vivir una vida ordinaria en la escuela secundaria, pero este sueño suyo puede no hacerse realidad en el corto plazo, ya que Mihama Academy es todo lo contrario. Consistiendo solo en el director y otros cinco estudiantes, todos ellos niñas, Yuuji se familiariza con cada uno de ellos y descubre más sobre sus personalidades, ya que la socialización es inevitable. Lentamente, comienza a aprender sobre la verdad detrás del pequeño grupo de estudiantes que ocupan la academia: cada uno tiene su propia parte de experiencias traumáticas que están escondidas del mundo.

La Academia Mihama actúa como un hogar para estas chicas, son la "fruta" que cayó de sus árboles y ha comenzado a descomponerse. Depende de Yuuji convertirse en el catalizador para salvarlos de sí mismos, pero ¿cómo puede salvar a otro cuando ni siquiera puede salvarse a sí mismo?

Sinonimos:
The Fruit of Grisaia
Le Fruit de la Grisaia