Varios años después de El Fruto de Grisaia...

Lo que una vez fue la «Academia Mihama», un santuario para chicas jóvenes, se ha transformado en una escuela de entrenamiento de la SORD (Organización Especial para la Investigación y el Desarrollo) dedicada a fomentar el talento para la defensa nacional. Rena y Maki se especializan en armas de fuego, Tohka y Gumi sobresalen en francotiradores, Chris se encarga de los explosivos y el procesamiento de datos, y Murasaki es una ninja experta en operaciones de inteligencia. Juntas, se encargan de casos demasiado complejos para la policía o las Fuerzas de Autodefensa, enfrentándose en repetidas ocasiones a peligrosas misiones. Esta es la historia de estas jóvenes, pintada con sangre y pólvora.