En un mundo habitado por personas de pocos centímetros de altura, las jóvenes Hakumei y Mikochi viven juntas en una casa construida en un árbol. Hakumei es una carpintera enérgica y marimacho, mientras que Mikochi es una sastra femenina y tranquila. A pesar de sus diferencias, se llevan bien y pasan los días divirtiéndose viviendo su vida en el bosque.

Las dos pasan el tiempo trabajando, haciendo turismo y yendo de compras al mercado de Tsumiki, junto al océano. Hacen muchos amigos por el camino, ya sean criaturas sensibles del bosque como Iwashi la Comadreja o compañeros en miniatura como la cantante Konju y el inventor Sen.

Hakumei to Mikochi es una relajante mirada al día a día de sus protagonistas mientras exploran e interactúan con su diminuto mundo, que parece sacado directamente de un cuento de hadas.