Toru, un joven exsoldado fue abandonado viviendo una vida de insifnificancia después de terminada la guerra. Mientras buscaba comida en el bosque, conoció a Chaika, una joven que llevaba un ataúd, y encontró una razón para vivir otra vez. Después que ella le encomendó un trabajo, la declaró como su master y se unió a ella, junto con su hermana menor Akari, en un viaje para alcanzar el objetivo de Chaika.

Durante sus viajes, aparecían chicas parecidas a Chaika, cada una diciendo ser ella. Una vestida de rojo, una en azul, otr en blanco... Pero todas las "Chaika" compartían el mismo objetivo de buscar los restos del emperador. ¿Cuál será la verdadera? ¿Qué es exactamente "Chaika"? Muchos misterios entrelazados en una red compleja, todos centrándose en "Chaika" y los restos. ¿Qué verdad será revelada cuando todos los restos se hayan recopilado?