Cuando un organismo extraterrestre conocido como "Savage" ataca a la humanidad, la única tecnología capaz de combatir al enemigo es un arma conocida como "Hundred". Hayato Kisaragi, superviviente de un ataque de los Salvajes, es un adolescente que cuenta con el más alto nivel de compatibilidad con la mencionada tecnología y, como resultado, es invitado a dominar sus habilidades en Little Garden, una prestigiosa academia militar a bordo de un buque de guerra.

En el transcurso de su intenso entrenamiento para la batalla que se avecina, atrae inmediatamente el interés de múltiples compañeras y se ve envuelto en una serie de incidentes mientras intenta luchar contra las criaturas que ahora habitan la Tierra y amenazan su seguridad.