El estudiante de secundaria Houtarou Oreki, muy conservador, termina con más de lo que esperaba cuando se inscribe en el Club de Clásicos a instancias de su hermana, especialmente cuando se da cuenta de lo profunda que es la historia del club. A regañadientes, Oreki se ve arrastrado a una investigación sobre el misterio de 45 años que rodea a la sala del club.

Acompañado por sus compañeros del club, el entendido Satoshi Fukube, la severa pero benigna Mayaka Ibara, y el siempre curioso Eru Chitanda, Oreki debe combatir los plazos y la falta de información con ingenio y talento oculto, para no sólo encontrar la verdad enterrada bajo el polvo de obras creadas años antes que ellos, sino también de otros pequeños casos secundarios.

Basada en la premiada serie de novelas ligeras Koten-bu, y dirigida por Yasuhiro Takemoto, de Suzumiya Haruhi no Shoushitsu, Hyouka muestra que la vida normal puede estar llena de pequeños misterios, ya sea la historia de una familia, una película de estudiantes o incluso las flores marchitas que componen una historia de fantasmas.