El año es 1999. Morioh, una ciudad normalmente tranquila y pacífica, se ha convertido recientemente en un hervidero de actividad extraña. Joutarou Kuujou, ahora biólogo marino, se dirige a la misteriosa ciudad para conocer a Jousuke Higashikata. Mientras que los dos pueden parecer extraños al principio, Jousuke es en realidad el hijo ilegítimo del abuelo de Joutarou, Joseph Joestar. Cuando se conocen, Joutarou se da cuenta de que puede tener más en común con Jousuke que sólo una relación de sangre.

Junto con el apacible Kouichi Hirose y el bullicioso Okuyasu Nijimura, el grupo se dedica a investigar las recientes desapariciones y otros sucesos sospechosos dentro de Morioh. Ayudados por el poder de Stands, los cuatro hombres se encontrarán con el peligro en cada esquina, ya que les corresponde a ellos desentrañar los secretos del pueblo, antes de que ocurra otro.