La historia se desarrolla en 1937, en la Segunda Guerra Mundial. El teniente coronel Yuki del Ejército Imperial de Japón crea la “Agencia D”, un equipo de inteligencia bajo su mando y tutela. El Estado Mayor del Ejército asigna al teniente Sakuma la misión de observar el rendimiento de la unidad. La Agencia D despliega una amplia red para encontrar agentes más allá del personal del ejército japonés y Yuki establece principios que van en contra de las doctrinas del Ejército Imperial: “No mates, que no te maten, que no te capturen”. Así, Yuki entrena a un grupo de operativos que llevarán a cabo misiones contra fuerzas nacionales y extranjeras.