Corre el año 2006 y en los pasillos del Instituto de Jujutsu de la Prefectura de Tokio resuenan las interminables discusiones y los intensos debates entre dos inseparables mejores amigos. Con una confianza inquebrantable, Satoru Gojou y Suguru Getou creen que no hay reto demasiado grande para los jóvenes y poderosos hechiceros de grado especial como ellos. Se les ha encomendado la tarea de entregar sana y salva a una chica sensata llamada Riko Amanai a la entidad cuya existencia es la esencia misma del mundo del jujutsu. Sin embargo, la misión les sumerge en un agotador remolino de conflictos morales que amenaza con destruir la ya débil amistad entre hechiceros y humanos corrientes.

Doce años después, estudiantes y hechiceros son la primera línea de defensa contra el creciente número de maldiciones de alto nivel nacidas de las emociones negativas de los humanos. A medida que las entidades crecen en poder, también aumentan su autoconciencia y su ambición. Las maldiciones se unen con el objetivo común de erradicar a los humanos y crear un mundo en el que sólo haya usuarios de energía malditos, liderados por un peligroso y antiguo espíritu maldito. Para deshacerse de su mayor obstáculo -el hechicero más fuerte, Gojou- orquestan un ataque en la estación de Shibuya en Halloween. Divididos en equipos, los hechiceros entran en combate dispuestos a arriesgarlo todo para proteger a los inocentes y a los de su propia especie.