Ha pasado un año desde la desaparición de Shiro, el Rey de Plata; Kurou Yatogami y Neko han sido diligentes en su búsqueda, pero sin éxito. Su investigación les lleva a un encuentro con los miembros del ahora disuelto Clan Rojo HOMRA -Rikio Kamamoto y Anna Kushina- que son perseguidos por el Clan Verde, que desea los poderes de Anna para sus propios fines.

Ahora, los miembros del Cetro 4 son llamados junto a Kurou y Neko para rescatar a Anna, la mascota y único miembro femenino del arruinado Clan Rojo, de las garras del enemigo y, con suerte, encontrar a Shiro usando los poderes de la joven. En medio de la crisis, el grupo se ve obligado a entrar en una lucha de poder cuando el Clan Verde amenaza con apoderarse de los dominios del Rey Dorado.

El segundo paso en la serie del Proyecto K, K: Missing Kings, continúa la historia de un joven atrapado en una guerra psíquica entre siete reyes, y muestra las luchas de cada personaje tras las pérdidas de sus respectivos Reyes.