Haruto Kirishima llevaba una vida tranquila en el campo, alejado del ritmo acelerado de la ciudad. Entonces Yuzuki Eba apareció en su vida de la nada, venida de Tokio para vivir brevemente con su familia. El tiempo que pasaron juntos le dejó enamorado de los recuerdos de ese breve periodo antes de que ella desapareciera de su vida de forma igual de abrupta, y le dejó lleno de preguntas.

Kimi no Iru Machi comienza algún tiempo después, cuando Haruto se traslada a Tokio a vivir con su hermana para seguir una carrera como cocinero. En realidad, lo que desea es estar con Yuzuki. Sin embargo, las cosas no empiezan bien. A su llegada es confundido con un ladrón y atacado por la vecina de su hermana, Mishima Asuka. Una vez aclarado el malentendido, sus sentimientos empiezan a flaquear. ¿Es Eba, que sigue evitándole sin motivo aparente, la indicada para él o es Asuka?