La historia se desarrollará en la ficticia ciudad japonesa de Sugomori. Un día, una chica llamada Sonosaki le comenta a su compañero Katsugira: “Has sido seleccionado para ser un Kiznaiver”. El Sistema Kizuna, el cual le permite a Katsuhira compartir sus heridas, lo conecta a sus compañeros cuyas vidas y personalidades son completamente diferentes.

El Sistema Kizuna es un sistema incompleto para la implementación de la paz mundial que conecta a todas las personas a través de las heridas. Aquellos conectados al sistema son Kiznaivers. Cuando un Kiznaiver recibe una herida, el sistema divide la herida y la transmite entre todos los Kiznaivers.

La ciudad de Sugomori está construida sobre tierra ganada al océano. Con el paso de los años, la población de la ciudad ha ido cayendo poco a poco, y aquí es donde viven Katsuhira y el resto.