El episodio cero, que tiene lugar tres años antes de la serie de televisión, sigue la misión de Hiroomi Nase de someter al infame Akihito Kanbara, mitad humano y mitad youmu. Mitsuki, la hermana pequeña de Hiroomi, siente curiosidad por la misión y le acompaña, y los hermanos conocen a Akihito por primera vez. Sin embargo, pronto descubren que no son los únicos que buscan a Akihito, y así comienza la historia de Kyoukai no Kanata.