Rinne Rokudou tiene problemas mayores que ir a la escuela: ayudar a los espíritus a pasar a la otra vida. Debido a esta responsabilidad, a menudo se encuentra corto de dinero y lucha por comprar sus necesidades: comida, ropa y herramientas para el exorcismo.

Sakura Mamiya ha sido capaz de ver fantasmas desde que era pequeña. Esperaba que se le pasara, pero incluso después de empezar el instituto, nada ha cambiado. Para colmo, la primera vez que Rinne, su siempre ausente compañero de clase, se presenta en el instituto, sólo Sakura puede verle a él. Supone, como cualquiera, que se trata de un fantasma. Sin embargo, para sorpresa de Sakura, Rinne acude a clase con normalidad al día siguiente. Kyoukai no Rinne narra el viaje de Sakura, que descubre la verdadera naturaleza de Rinne y la existencia de un mundo sobrenatural oculto.