En un abrir y cerrar de ojos, treinta mil desconcertados jugadores japoneses son sacados de su vida cotidiana y llevados al mundo del popular MMORPG, Elder Tale, después de la última actualización del juego. Entre ellos se encuentra el socialmente incómodo estudiante universitario Shiroe, cuya confusión y conmoción dura sólo un momento ya que, siendo un veterano del juego, se dispone inmediatamente a explorar los límites de su nueva realidad.

Shiroe debe aprender a vivir en este nuevo mundo, liderando a otros y negociando con los "nativos" del PNJ para traer estabilidad a la ciudad virtual de Akihabara. Se le unen su desafortunado amigo Naotsugu, que se ha conectado por primera vez en años sólo para encontrarse atrapado, y Akatsuki, un pequeño pero feroz asesino que etiqueta a Shiroe como su maestro. Un cuento de fantasía, aventura y política, Log Horizon explora los elementos del juego a través de los ojos de un maestro estratega que intenta sacar lo mejor de una situación desconcertante.