Las tensiones de las batallas del Selector han desaparecido aparentemente, y los participantes restantes han dejado atrás rápidamente toda la terrible experiencia. Sin embargo, Kiyoi Mizushima cree que el conflicto aún no ha terminado. A pesar de la derrota de Kou Satomi, sus partidarios ya están intentando revivir sus planes en la sombra.

Las sospechas de Mizushima no tardan en confirmarse como ciertas. No sólo resurge el sistema de combate Selector, sino que también se ha implementado una nueva mecánica. Los jugadores reciben una carta llave especial que desbloquearán con monedas de oro, liberando un poder oculto. Consciente de los formidables enemigos que le aguardan, Mizushima comienza a buscar hábiles aliados en su empeño por romper por fin el ciclo de la oscuridad.