Tras celebrar su victoria contra Al-Thamen, Aladino y sus amigos abandonan la tierra de Sindria. Sin embargo, con el final de la batalla llega el momento de que cada uno de ellos siga su camino. Hakuryuu y Kougyoku reciben la orden de regresar a su país de origen, el Imperio Kou. Mientras tanto, Aladdin anuncia que necesita dirigirse a Magnostadt -un misterioso país gobernado por magos- para investigar los misteriosos sucesos que ocurren en este nuevo reino y adquirir más destreza en la magia. Por su parte, animados por las palabras de Aladino, Alibaba y Morgiana también parten en pos de sus propios objetivos: entrenarse e ir a su tierra natal, respectivamente.

Magi: El Reino de la Magia sigue a estos amigos en sus aventuras por separado, cada uno enfrentándose a sus propios retos. Sin embargo, una nueva amenaza comienza a surgir a medida que una gran guerra se cierne sobre el horizonte...