Diez años después de los sucesos en MSLN A's, Hayate, Nanoha y Fate trabajan para el Buro de Administración Tiempo-Espacio. El sueño de Hayate es crear su propia división para ayudar en todo tipo de desastres, incluyendo los que tiene que ver con los Lost Logia. Fate y Nanoha se encargan de entrenar a sus propios aprendices, creando asi la Riot Force 6. El problema llega cuando aparecen Reliquias sin control que se interpone en el camino del Riot Force, y depende de ellos tener que lidiar con ellos, entre otras tareas.