En 2008, el gobierno japonés comenzó a perseguir a las personas que se identifican como otaku en un esfuerzo por proteger la cultura del país. En sólo una semana, la agencia encargada de hacer cumplir la ley, conocida como SSC, capturó por la fuerza a casi todos los otaku y confiscó sus recuerdos. Un apasionado hombre que se hace llamar Héroe Otaku se niega a permitir que esta agencia haga lo que le plazca: levanta un ejército de resistencia formado por otros frikis desplazados que se unen para ayudar a defender su cultura.

Tres años después, el fuego de la rebelión se apaga cuando toda esperanza parece perdida para los otakus. Espoleado por su aliada, la chica mágica Anarquía, el Héroe Otaku lidera la resistencia en un esfuerzo por reunir a Anarquía con las otras dos chicas mágicas: Azul y Rosa. Combinando el poder de este trío, la resistencia podrá derrotar a la SSC y salvar la cultura otaku para todos.