Todos los días, Aya Asagiri piensa en suicidarse. En la escuela la acosan sin cesar, y en casa, su hermano mayor Kaname abusa físicamente de ella para aliviar el estrés académico al que le somete su padre.

Una noche, mientras está despierta deseando morir, aparece en su portátil una misteriosa página web llamada Magical Girl Site, que promete darle poderes mágicos. Al principio, lo descarta como una broma espeluznante, pero cuando al día siguiente encuentra una pistola mágica en su zapatero, no sabe qué creer. Decide llevársela y pronto se topa de nuevo con sus matones. Pero esta vez, desesperada por que algo la salve, utiliza el arma y sus agresores son transportados a un cruce de ferrocarril cercano, donde son atropellados.

La conciencia de Aya es incapaz de manejar el hecho de haber asesinado a dos de sus compañeros de clase con magia, e intenta desesperadamente comprender la situación. Sin embargo, cuando se encuentra de nuevo en apuros, la salva Tsuyuno Yatsumura, una compañera de clase que puede utilizar la magia para detener el tiempo. Este dúo tiene mucho que hacer: no sólo tienen que luchar junto y contra otras chicas mágicas, sino que también deben descubrir la verdad que se esconde tras la página web y el acontecimiento apocalíptico conocido como «La Tempestad» que pronto ocurrirá.