Ha pasado un siglo desde que la «magia verdadera» -que en un principio se consideraba mero folclore y leyenda- se convirtió en tecnología común en todo el mundo. La First National Magic University Affiliated High School (First High), una de las nueve academias de magia de Japón, admite a dos hermanos expertos -Miyuki y Tatsuya Shiba- en la academia. La First High divide a sus estudiantes en dos grupos, Curso 1 y Curso 2, en función de las puntuaciones obtenidas en los exámenes de ingreso. Esto provoca un aparente desdén por los estudiantes del Curso 2, ya que son etiquetados como «malas hierbas» por los estudiantes del Curso 1, que alternativamente se llaman a sí mismos «flores».

Tatsuya es admitido en el Curso 2, mientras que su hermana Miyuki se une al Curso 1 como estudiante de honor. Miyuki desea demostrar a First High que, a pesar de que su hermano sea tachado de inepto, se encuentra entre los mejores magos de todo el mundo.

Mahouka Koukou no Yuutousei vuelve a contar la historia de Mahouka Koukou no Rettousei desde el punto de vista de Miyuki y los demás personajes femeninos.