La aprendiz de maga Chise Hatori es invitada a matricularse en el Colegio, una prestigiosa institución de aprendizaje para hechiceros, para examinar y buscar una forma de eliminar las maldiciones que porta. A pesar de las reticencias de su novio, Elias Ainsworth, Chise acepta la propuesta, ya que cree que asistir a la escuela podría ayudarla a minimizar sus tendencias abnegadas.

Desde el primer momento, Chise capta la atención tanto de sus compañeros como de sus profesores, que nunca antes habían visto a una maga en acción. Sin embargo, un siniestro complot se está gestando a espaldas del Colegio, y la joven maga tendrá que determinar quién es amigo o enemigo para ponerle fin.