En el reino humano, las brujas y los magos parecen ser meras creaciones de la fantasía. Mirai Asahina, una adolescente aventurera, se propone desmentir esta idea siguiendo las huellas de una peculiar estrella fugaz que cayó la noche anterior. Mirai no tarda en encontrarse por casualidad con Liko, una torpe aprendiz de bruja que procede del Mundo Mágico, un colorido reino habitado por magos.

Como si fuera cosa del destino, la aparición de extraños villanos obliga a Mirai y Liko a unir sus vidas. Al hacerlo, dan rienda suelta a su fuerza como pareja de magas legendarias: ¡las «Maho Girls Precure»! Ahora, dotadas de un poder increíble, el insólito dúo se embarca en una aventura llena de hechizos mágicos y poderosas piedras preciosas. Por el camino, las dos chicas descubren las maravillas ocultas que unen sus mundos individuales.