Anna Akechi es una estudiante de segundo año de secundaria que vive en Makoto Mirai Town. El día que cumple 14 años, tiene un encuentro fortuito con un hada llamada Pochitan, y un colgante mágico la hace viajar en el tiempo desde 2027 hasta 1999. En la Makoto Mirai Town de hace 28 años, Anna conoce a Mikuru Kobayashi, una chica de su edad que quiere convertirse en una gran detective.

Mientras tanto, los habitantes del pueblo están en apuros porque les están robando sus preciadas posesiones delante de sus narices, y la causa es un grupo de ladrones fantasmas. Para detenerlos, Anna y Mikuru se convierten en Precures. Quizás si resuelven estos misterios, Anna pueda encontrar el camino de regreso a su propia época.