Año 2312 A.D. La historia comienza 4 años después de los acontecimientos de la primera temporada. La Humanidad ha establecido un gobierno mundial unificado, la Federación de la Esfera Terrestre, y un Ejército independiente llamado A-Laws para asegurar la paz en el mundo, aunque su objetivo es bastante distinto a ese, y se acerca más a dominar el mundo bajo un régimen tiránico y con puño de acero. En esta situación, Setsuna F. Seiei y Saji Crossroad se reencontrarán y volverán a estar envueltos junto con Celestial Being en una nueva misión para detener las acciones de los A-Laws y devolver la paz al mundo, con la ayuda de todos sus compañeros supervivientes de la última batalla 4 años atrás contra las Naciones Unidas.