El mundo se ha visto envuelto en una desesperada guerra de tres décadas contra los BETA, una especie alienígena que invadió el planeta en 1973. En medio de este caos, un estudiante de secundaria llamado Takeru Shirogane se despierta de repente de una terrorífica pesadilla en la que ve a la humanidad totalmente derrotada. Poco después, se da cuenta de que su sueño no era más que los recuerdos de su vida en un universo alternativo. En esos recuerdos, se pone en marcha el proyecto Alternativa V, que envía a cientos de miles de personas al espacio como último recurso para preservar la humanidad, mientras deja a los mil millones restantes en la Tierra para que sufran un cruel destino.

Anhelando cambiar este sombrío futuro, Takeru se une a una base militar en Yokohama, que resulta ser su antiguo instituto. Allí consigue convencer a la vicecomandante de la base y líder del proyecto Alternativa IV, la profesora Yuuko Kouzuki, para que evite que se produzca la Alternativa V. Para garantizar el éxito de la Alternativa IV, Takeru debe pilotar las gigantescas máquinas humanoides Tactical Surface Fighters (TSF) junto a sus compañeros cadetes. Sin embargo, sólo tiene dos meses para completar su entrenamiento y aprovechar su conocimiento parcial del futuro, para que no se produzca la consiguiente tragedia.