En un universo familiar pero diferente, Yuki Nagato, tímida lectora y jugadora, es la presidenta del Club Literario del Instituto North. Sus amigos, Ryouko Asakura, demasiado precavida, y Kyon, completamente normal, son los únicos miembros del club. Sin embargo, Yuki disfruta de la paz y la tranquilidad que comparte con ellos, especialmente cuando está con Kyon, de quien está enamorada. A ellos se suman Tsuruya y Mikuru Asahina, dos amigos de personalidades opuestas que pasan con frecuencia por el Club Literario.

Mientras camina de vuelta a su apartamento en un frío día de diciembre, Yuki es obligada a dibujar extraños símbolos en el suelo por una chica que supuestamente intenta capturar a Santa Claus. La chica se presenta como Haruhi Suzumiya, una excéntrica estudiante de la prestigiosa Academia Kouyouen que está a la caza de alienígenas, viajeros en el tiempo y espers. Cuando Haruhi y su amigo Itsuki Koizumi hacen una aparición repentina en la sala del club, se declaran miembros oficiales del Club Literario, y Haruhi toma posesión como presidenta ejecutiva.

Con los tranquilos días del Club Literario ya superados, Yuki y sus amigos se ven envueltos en una serie de desventuras bajo el liderazgo de Haruhi, y cada incidente acerca más que nunca a Yuki y Kyon.