Natsume Takashi es un chico un tanto especial. Desde que era muy pequeño, podía ver a todo tipo de seres espirituales sobrenaturales. Desde que perdió a sus padres, ha ido viviendo en diferentes casas de familiares lejanos y amigos de la familia. Y ahora lleva unos meses viviendo en un apacible y agradable pueblo. El problema es que los ayakashi, esos seres que puede ver, le están persiguiendo sin cesar. Y todo parece estar relacionado con los asuntos pendientes y la herencia que su fallecida abuela, Reiko, dejo tras de sí cuando vivía allí.

El libro de los amigos que ha heredado de ella será la espina dorsal de toda una serie de historias emotivas y aventuras más o menos peligrosas por las que Natsume y Nyanko pasarán para devolver todo a la normalidad.