La historia comienza en un mundo devastado por un veneno conocido como "shinobi", que llegó a la Tierra en un meteorito. Los seres humanos huyen a Kairiku, un lugar sumergido en el océano donde los supervivientes tratan de salvarse del veneno. Sin embargo, todavía queda un rayo de esperanza, El Arma Sagrada Giga Road y el legendario guerrero Yagyuu, necesarios para contrarrestar los efectos del veneno. Por su parte, la princesa Ame de una nación caída, tratará de salvar el futuro de la humanidad.