Yato y Yukine han arreglado por fin su relación como dios y Regalia. Como deidad menor y desconocida, Yato sigue aceptando trabajos ocasionales por cinco yenes cada uno con la esperanza de tener algún día millones de fieles y su propio gran santuario. Aún tiene que arreglar el alma suelta de Hiyori Iki, pero ella se prepara alegremente para el instituto.

Aunque las cosas parecen haber vuelto a la normalidad, la complicada historia entre Yato y Bishamon, diosa de la guerra y los guerreros, sale a la luz. Bishamon guarda un antiguo y misterioso rencor a Yato, lo que provoca violentos enfrentamientos entre ellas. Para complicar aún más las cosas, el regalia de mayor confianza de Bishamon, Kazuma, está en deuda con Yato. Cuando hay vidas en juego, desentrañar estos secretos es posiblemente la única forma de corregir los errores del pasado.