Durante un viaje escolar, el niño prodigio Sorata Suzuhara se aleja de sus compañeros tras escuchar una misteriosa canción y se desmaya. Cuando recupera el sentido, se encuentra en un sitio que no conoce y no tarda en encontrarse con una chica que le indica que está en el Japón de inicios de siglo.

Para ayudarle a volver a casa, Sorata sigue a la chica hasta un barco en el que la está esperando, pero resulta no ser un barco de madera normal, sino una nave voladora que utiliza tecnología que va mucho más allá de lo que Sorata hubiese podido imaginar. Lo más extraño todavía es que allí descubre que los otros doce pasajeros, tres chicas y nueve chicos, se supone que son espers con poderes especiales y que están en una especie de viaje a instancias de una entidad multinacional conocida únicamente como El Mundo.

¿Cuál es el propósito de su viaje? ¿Cuál es su destino? ¿Quién es El Mundo? Antes de que Sorata pueda siquiera comenzar a asimilar la situación, la nave es atacada y el misterio que la rodea se hace aun mayor. Profundiza en la historia del barco y sus ocupantes desde el punto de vista de las tres chicas y descubre todos los misterios que encierra.