Tras la muerte de sus padres, Yuuto Amakawa vive una vida bastante corriente en la ciudad. El único problema del que tiene que preocuparse mientras asiste a la escuela junto a Rinko, su vecina de al lado, es su alergia a los gatos. Todo eso cambia en su decimosexto cumpleaños, cuando un Ayakashi -una criatura sobrenatural- le ataca por los pecados de sus antepasados. Por suerte, le salva Himari, una misteriosa mujer-gato con una espada, que le explica que Yuuto es el vástago de una familia de cazadores de demonios, y que ella está ahí para protegerle ahora que el amuleto que le mantenía oculto de las fuerzas sobrenaturales del mundo ha perdido su poder.

Omamori Himari narra las relaciones de Yuuto con las diversas fuerzas del mundo sobrenatural, así como el creciente número de mujeres que aparecen en su puerta, cada una con sus oscuros deseos. ¿Será capaz Yuuto de adaptarse a su nuevo y «excitante» entorno? ¿O le alcanzará el fantasma de su pasado?