Hace cien años, Dahara City fue acosado por una terrible calamidad provocada por una gran potencia. La ciudad se salvó cuando un misterioso hombre selló ese poder en la prisión de botella, y se convirtió en paz. En el presente, Ash y sus amigos llegan a Dahara city, donde se encuentran con el travieso Pokémon Hoopa, así como su compañero humano…